Марқакөл мемлекеттік қорығы 1976 жылы 4 тамызда құрылған. Қорық аумағы Қазақстан даласының және орталық Азия шөлейтінің, оңтүстік Сібір тайгасының шекарасында, оңтүстік Алтайда орналасқан. Қорық төрт аумаққа көлді аумақ, солтүстік, оңтүстік таулы-орманды және Қалжыр өзенінің алқабы деп бөлінген. Қорық маңайда сирек кездесетін бағалы аңдар мен құстарды өсімдіктерді, сондай-ақ, көктемде балық уылдырық шашатын өзендер арналарын қорғап, орман, тау, өзендердің әсем табиғатын сақтап қалу мақсатында құрылған.
Марқакөл қорығы – жан-жануарларларға аса бай, көркіне көз тойғысыз табиғатымен ерекше. Бір сөзбен айтқанда, қорық аң-құс түрлеріне өте бай. Онда сүт қоректілердің 40, құстардың 200 ден аса түрі мекен етеді. Орманда аю, түлкі, қасқыр, борсық, қоян, марал, тиын, құндыз, бұлғын құр көптеп кездеседі. Тіптен "Қызыл кітапқа " енген қар барысын да кездестіруге болады. Тек Қазақстанды ғана емес, әлем туристерін де таңдай қақтырған қорықтың жанынан келушілер қолайлығы үшін өлкенің ең деген аң-құстары топтастырылған мұражай құрылған. Мұражай өз қызметін 1982 жылдан бастағалы бері ондағы экспонаттар қоры талайды тамсандырған.
Марқакөл қорығының инспекторлары өзен-көлді браконьерлерден күні-түні күзетуде. Қазір мұнда 25 инспектор жұмыс істейді. Мамыр - маусым айларында майқан балығы Марқакөлге келіп құятын өзендерде уылдырық шаша бастайды. Осы кезеңде уылдырыққа көз тігушілер саны артады дейді инспекторлар. Ал ускуч балығы еліміз бойынша тек Марқакөлде ғана бар. Сондықтан оны браконьерлерден қорғау өзекті мәселе. Суда құзғын көбейіп, балықтардың азаймауы мақсатында инспекторлар үздіксіз үркіту жұмыстарын жүргізіп отырады. Өткен жылдың тамыз айындағы санақ бойынша құзғындардың саны 5-6 мыңға жеткен. Ал биыл 5 тамызда жүргізілген соңғы санақ бойынша, құзғындарға қарсы жүргізілген жұмыстар жылдан-жылға оң нәтижесін бере бастағандығы байқалған. Қазір олардың саны 350-400 ге жеткен. Сондай-ақ, Шығыстың маржаны аталатын Марқакөл туризм саласының дамуына да өзіндік үлесін қосуда. Көркінен көз сүрінетін өлке табиғатына келушілер қатары жылдан-жылға шетелдік туристермен толығуда. Қорықтың қауіпсіздігі мақсатында әр инспектор қару-жарақтан бастап, мініс аттармен жабдықталған. Бұдан бөлек, инспекторлар заң бұзушылықтың алдын-алу мақсатында Марқакөл көлінің аумағына 19 дана фототұзақтарды орнатқан. Бұл арқылы фототұзаққа түсіп қалғандар заңға сай жазаланған.